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まずはMTがPHP化されていることが前提になります。

MTのPHP化は非常にメリットが多いのでされていない方はこれを機にされてみてはいかがでしょうか？

文字を切り詰める方法は
mb_strimwidth()
というPHPの関数で行います。

mb_strimwidth(『文字列』,『始まりのバイト位置』,『最大バイト数』,『カットした後に表示する文字列』,『エンコード』)と書きますので

個別エントリーのテンプレートを開き下記のナビゲーションリンク部分

<MTEntryPrevious>
<a href="<$MTEntryPermalink$>">« <$MTEntryTitle$></a> |
</MTEntryPrevious>
<a href="<$MTBlogURL$>">メイン</a>
<MTEntryNext>
| <a href="<$MTEntryPermalink$>"><$MTEntryTitle$> »</a>
</MTEntryNext>

こちらを

<MTEntryPrevious>
<a href="<$MTEntryPermalink$>">≪
<?php
$str = "<$MTEntryTitle$>";
$str = mb_strimwidth ($str, 0, 24, "…",utf8);
?>
<?php echo($str);?>
</a> |
</MTEntryPrevious>
<a href="<$MTBlogURL$>">メイン</a>
<MTEntryNext>
| <a href="<$MTEntryPermalink$>">
<?php
$str = "<$MTEntryTitle$>";
$str = mb_strimwidth ($str, 0, 24, "…",utf8);
?>
<?php echo($str);?>
≫</a>
</MTEntryNext>

に上書きしました。

内容を簡単に説明しますと

$str = "<$MTEntryTitle$>";

<$MTEntryTitle$>（←タイトルのこと）を$strに代入してから

mb_strimwidth ($str, 0, 24, "…",utf8)

$strの文字列の0バイトから24バイトまでの文字列に『…』をくっつけてutf8の文字コードで吐き出す。

という感じです。

メインをはさんで前と後ろの記事のリンクをそれぞれ同じ関数で切り詰めてます。

これで長いタイトルでも大丈夫！
他にもプラグインで切り詰める方法もあるようですがこちらのほうが簡単そうなのでこちらでやりました。